Dla studentów

Możliwe tematy prac licencjackich lub magisterskich

1. Rozpoznawanie RNA przez białko KhpA z bakterii Streptococcus pneumoniae.
   RNA recognition by KhpA protein from Streptococcus pneumoniae
2. Wiązanie RNA przez fragment białka KhpB z bakterii Streptococcus pneumoniae zawierający domeny wiążące RNA: KH i R3H.
   RNA binding by a fragment of KhpB protein from Streptococcus pneumoniae,  which contains RNA-binding domains: KH and R3H.

Prace magisterskie (IV rok):

1. Wpływ nadekspresji kanału mitoKATP na aktywność bioenergetyczną mitochondriów mioblastów serca szczura (linia komórkowa C2H9) poddanych niedotlenieniu/ reksygenacji./The influence of overexpression of mitoKATP channel on bioenergetic activity of anoxia/reoxygenetion-treated mitochondria from rat heart myoblast cells (line H9C2). (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz)
2. Wpływ temperatury na aktywność kluczowych enzymów oddechowych serca szczura/The influence of temperature on activity of key respiration enzymes from rat hearts. (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz)
3.  Określenie liczby kopii genów o pochodzeniu jądrowym i mitochondrialnym metodą qPCR w kolistych pozajądrowych DNA (cfDNA)  u pacjentów ze zdiagnozowaną chorobą Parkinsona(dr hab. Małgorzata Wojtkowska)
4. Kontrola jakości mitochondriów poprzez mechanizm transportu pęcherzykowego
5. Alternatywne dehydrogenazy jako sensory stanu redoks i przełączniki promujące przeżycie lub śmierć komórki
6. Wpływ modulatorów mitochondrialnych kanałów potasowych na komórki makrofagów RAW 264.7
7. Rola mitochondriów w patogenezie COVID-19
8. Mitochondrialne DNA jako czynnik pobudzający aktywność układu immunologicznego
9. Znaczenie końca N dla aktywności kanałowej paralogów ludzkiego białka VDAC
10. Przeszukiwanie biblioteki ekstraktów roślinnych w kierunku hamowania wiązania białka S koronawirusa SARS-CoV2 do receptora ACE2
11. Zależność fenotypów bezporynowych mutantów drożdży Saccharomyces cerevisiae od zastosowanej metody mutagenezy i tła genetycznego
12. Wpływ mitochondrialnej oksydazy alternatywnej niesporczaka Milnesium inceptum na anhydrobiozę drożdży Saccharomyces cerevisie
13. Aparat importu białek do mitochondriów w biogenezie choroby Parkinsona
14. Aparat importu białek do mitochondriów w biogenezie choroby Alzheimera
15. Metabolizm tlenowy komórek Acanthamoeaba castellanii (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz)
16. Poszukiwanie inhibitorów głównej proteazy SARS-CoV-2 w bibliotekach ekstraktów roślinnych (dr hab. Anna Kicińska)
17. Oddziaływanie pomiędzy ACE2 a białkiem Spike SARS-CoV-2 w warunkach hiperglikemii (dr Andonis Karachitos)
18. Wpływ ekspresji głównej proteazy SARS-CoV-2 na mitochondria (dr Andonis Karachitos)

Prace licencjackie:

1. Zaburzenia poziomu koenzymu Q a dysfunkcja mitochondriów (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz, praca teoretyczna)
2. Kontrola jakości mitochondriów poprzez mechanizm transportu pęcherzykowego
3. Alternatywne dehydrogenazy jako sensory stanu redoks i przełączniki promujące przeżycie lub śmierć komórki
4. Wpływ modulatorów mitochondrialnych kanałów potasowych na komórki makrofagów RAW 264.7
5. Rola mitochondriów w patogenezie COVID-19
6. Mitochondrialne DNA jako czynnik pobudzający aktywność układu immunologicznego
7. Znaczenie końca N dla aktywności kanałowej paralogów ludzkiego białka VDAC
8. Przeszukiwanie biblioteki ekstraktów roślinnych w kierunku hamowania wiązania białka S koronawirusa SARS-CoV2 do receptora ACE2
9. Zależność fenotypów bezporynowych mutantów drożdży Saccharomyces cerevisiae od zastosowanej metody mutagenezy i tła genetycznego
10. Wpływ mitochondrialnej oksydazy alternatywnej niesporczaka Milnesium inceptum na anhydrobiozę drożdży Saccharomyces cerevisie
11. Aparat importu białek do mitochondriów w biogenezie choroby Parkinsona
12. Aparat importu białek do mitochondriów w biogenezie choroby Alzheimera

Prace magisterskie lub licencjackie

1. Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do pozyskania mutantów w genów kodujących deacetylazy histonowe (dr hab. Piotr Ziółkowski)
   CRISPR/Cas9-based genome editing for obtaining new mutant alleles of genes encoding histone deacetylase (dr hab. Piotr Ziółkowski)
2. ATM/ATR-zależna regulacja tworzenia programowanych pęknięć dwuniciowych DNA podczas mejozy (dr hab. Piotr Ziółkowski)
   ATM/ATR-dependent regulation of meiotic double-strand breaks (dr hab. Piotr Ziolkowski)
3. Antyrekombinacyjna funkcja białek systemu MMR (mismatch repair) (dr hab. Piotr Ziółkowski)
   Anti-recombinational function of mismatch repair (MMR) proteins (dr hab. Piotr Ziółkowski)
4. Indukcja ekspresji genów białek zaangażowanych w detoksykację metali ciężkich w roślinach (A. Piechalak)
5. Obecność bakterii promujących wzrost a poziom białek zaangażowanych w odpowiedź na stres oksydacyjny wywołany metalami ciężkimi (A. Piechalak)
6. Zmiany mobilności metali w transporcie bliskim i dalekim przez suplementację chelatorami syntetycznymi i bakteriami probiotycznymi (A. Piechalak)

Prace licencjackie/ magisterskie

1. Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18 przez proteasom 26S (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
2. Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności białek (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
3. Charakterystyka procesu formowania łańcuchów poliubikwitynowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
4. Identyfikacja i analiza miejsc sumoilacji syntazy ACC7 (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
5. Analiza funkcji kaskady kinazy MAPKKK18 w regulacji rozwoju aparatów szparkowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
6. Projektowanie inhibitorów dla roślinnych fosfataz białkowych typu 2C (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
7. Badanie specyficzności hamowania aktywności katalitycznej homologicznych fosfataz białkowych grupy A przez ich potencjalne inhibitory (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)

Grupa prof. Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej

praca licencjacka:

1. Analiza profilu eskresji genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u rozdzielnopłciowego watrobowca polymorpha.
2. Rola białka Hyl1w regulacji transkrypcji genów mikroRNA i białek thaliana

praca magisterska:

1. Analiza ekspresji krótkich peptydów kodowanych w rejonach 5’UTR genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u wątrobowca M.
2. Identyfikacja i analiza potencjalnych miejsc metylacji kierowanych przez mikroRNA w jęczmieniu.
3. Nowe elementy genetyczne odpowiedzi ziemniaka na stres suszy.
4. Rola jęczmiennych mikroRNA z rodziny MIR444 w rozwoju rośliny i odpowiedzi na stresy abiotyczne

Grupa prof. Artura Jarmołowskiego

Prace magisterskie:

1. Rola Ago1 w regulacji alternatywnego splicingu i kontranskrypcyjnej biogenezy mikroRNA A.thaliana
2. Dialog maszynerii splicingowej i poliadenylacyjnej w regulacji biogenezy mikroRNA A.thaliana.
3. „Rola białka Argonaute 1 w regulacji splicingu alternatywnego u Arabidopsis thaliana”. (dr Jakub Dolata)

Prace licencjackie

1. Kotranskrypcyjna regulacja ekspresji genów u roślin (teoretyczna; dr Jakub Dolata)
2. Uzyskanie i charakterystyka linii transgenicznych Arabidopsis thalianaz ekspresją allelu dcl1-13 (dr Dawid Bielewicz)
3. Analiza oddziaływań między białkiem HYL1 a białkami CDC5 i DRB4 (dr Dawid Bielewicz)

dr Jakub Dolata

1. Molekularna charakterystyka syntaz pseurourydynowych u Arabidopsis thaliana

Grupa dr hab. Katarzyny Doroty Raczyńskiej

1. Oddziaływanie dimeru białek Lsm10:Lsm11 z innymi białkami i RNA w różnych fazach cyklu komórek ludzkich.The interaction of Lsm10:Lsm11 protein dimer with other proteins and RNAs in different phases of the cell cycle in human cells
2. Oddziaływanie białek Lsm10 i/lub Lsm11 z małymi, niekodującymi RNA w komórkach ludzkich.The interaction of Lsm10 and/or Lsm11 with small noncoding RNAs in human cells.

Laboratorium Bioinformatyki strukturalnej (grupa prof. Janusza Bujnickiego)

Licencjaty:

1. Rozbudowa narzędzi bioinformatycznych do wizualizacji modelowania struktur kompleksów makromolekularnych
   Development of bioinformatics tools for visualization of structural models for macromolecular complexes

Prace magisterskie:

1. Rozwój i zastosowanie metod komputerowego modelowania struktur kompleksów białek i kwasów nukleinowych
   Development and application of method for computational modeling of protein and nucleic acid complexes

Laboratorium Systemów Ewolucyjnych (grupa prof. Borysa Wrobla)

Temat prac licencjackich 

1. Rozbudowa oprogramowania do ewolucji sztucznych sieci genowych kontrolujacych animaty
2. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę czynności elektrycznej mięśni
3. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę sieci społecznościowych

Temat pracy magisterskiej: 

1. Wykorzystanie sztucznych sieci genowych w robotyce ewolucyjnej
2. Wykorzystanie analizy czynności elektrycznej mięśni w rehabilitacji
3. Zastosowanie analizy sieci złożonych w badaniach społecznych

Laboratorium Biomolekularnych Interakcji I Transportu (dr Jan Brezovsky, prof. UAM)

1. Study of molecular mechanisms of mutations in biologically relevant enzymes underlying disease development
2. Identification of bioactive small molecules of biomedically important proteins
3. Computational protein engineering towards improved enzymes for biotechnologies

Laboratorium Komórek Macierzystych (grupa prof. Małgorzaty Borowiak)

Prace magisterskie/licencjackie

1. Mechanizm ekspansji komórek progenitorowych in vitro.
2. Rola lncRNA w pluripotencji
3. Indukowany światłem system ekspresji genów w procesie różnicowania in vitro

Laboratorium Terapii Genowej (grupa prof. Krzysztofa Sobczaka)

Prace magisterskie/licencjackie

1. Zastosowanie antysensowych oligonukleotydów w celu obniżenia biosyntezy toksycznego białka poliglicynowego w modelach komórkowych z ekspansją powtórzeń trójnukleotydowych CGG
2. Określenie znaczenia alternatywnej poliadenylacji prekursora onkogenu miR-21 na poziom jego dojrzałego produktu

Grupa dr Magdaleny Masłoń

Temat pracy magisterskiej: 

1. Analiza kinetyki transkrypcji podczas różnicowanie komórek
2. Stworzenie metodą Crispr/Cas9 komórkowego modelu Polimerazy RNA II o zwiększonej prędkości i analiza konsekwencji wprowadzonej mutacji
3. Zmiany w interaktomie Polimerazy RNA II podczas różnicowanie komórek

Prace licencjackie bądź magisterskie

1. PL: Zmienność genetyczna odmian rzepaku (Brassica napus) wykazujących różny poziom odporności na infekcję Plasmodiophora brassicaceae
   EN: Genetic polymorphism of rapeseed (Brassica napus) cultivars representing different resistance to infection of Plasmodiophora brassicaceae
2. PL: Adnotacja sekwencji sRNA pochodzących z cząsteczek tRNA-podobnych u Arabidopsis thaliana
   EN: Annotation of sRNA sequences derived from tRNA-like molecules in Arabidopsis thaliana
3. PL: Geny sRNA zaangażowane w regulację tworzenia biofilmu u bakterii chorobotwórczych.
   EN: sRNA genes involved in regulation of biofilm formation in pathogenic bacteria.
4. PL: Zachowawczość domen strukturalnych tRNA
   EN: Conservation of structural domains of tRNA
5. PL: Identyfikacja i adnotacja funkcjonalna genów osieroconych u bakterii
   EN: Identification and functional annotation of orphan genes in bacteria
6. PL: Nowa metoda porównywania sekwencji typu „alignment-free”
   EN: A novel alignment-free method for sequence comparisonq
7. PL: Identyfikacja nowych klas małych RNA na podstawie danych z wysokoprzepustowego sekwencjonowania
   EN: High-throughput sequencing based identification of small RNA classes
8. PL: Opracowanie nowych metod analizy danych pochodzących z sekwencjonowania RNA technologią Oxford Nanopore
   EN: Development of new methods for analysis of Oxford Nanopore sequencing data
9. PL: Analiza danych z wysokoprzepustowego próbkowania struktury drugorzędowej RNA
   EN: Data analysis of high-throughput sampling of RNA secondary structure

Przykładowe tematy prac licencjackich

1. Rola alternatywnych oksydaz końcowych w biogenezie organelli podczas stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek,
   prof. UAM)
2. Choroby związane z procesem programowanej śmierci komórki
   dr hab. Krzysztof Le ś niewicz , prof. UAM
3. Zbadanie potencjału interferencji transkrypcyjnej do aktywacji genów na przykładzie genu ApoE , kodującego białko istotne w patogenezie Alzheimera oraz chorób sercowo naczyniowych (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
4. Zastosowanie analiz omicznych celem poznania funkcjonowania organelli w warunkach stresowych (dr hab. Michał
   Rurek, prof. UAM)
5. Wielopoziomowe analizy proteomu roślin wyższych w warunkach stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof.
   UAM)
6. Odpowiedź fizjologiczna roślin na warunki stresu abiotycznego i biotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
7. Rola alternatywnych oksydaz końcowych w biogenezie organelli podczas stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
8. Udział mitochondrialnych transporterów błonowych w odpowiedzi na stres (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
9. Transkryptom, proteom i metabolom roślin wyższych (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)

Przykładowe tematy prac magisterskich

1. Rola kinazy WNK1 w procesie terminacji transkrypcji u człowieka (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
2. Otrzymanie transgenicznych linii komórek tytoniu BY 2 zaadaptowanych do warunków stresu osmotycznego w celu
   wizualizacji wybranych białek i organelli (dr Anna Kasprowicz Maluśki)
3. Analiza bioinformatyczna roślinnych białek bogatych w glicynę oraz kodujących je genów (dr hab. Micha ł Rurek , prof. UAM)
4. Funkcja roślinnych białek bogatych w glicynę podczas odpowiedzi na stres (dr hab. Micha ł Rurek , prof. UAM)
5. Analiza danych z wysokoprzepustowego sekwencjonowania natywnego RNA ulegającego procesowi elongacji (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
6. Generacja stabilnych linii komórkowej tagowanych endogennie czynników terminacji przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
7. Funkcja roślinnych białek bogatych w glicynę podczas odpowiedzi na stres (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
8. Analiza poziomu wybranych białek mitochondrialnych kalafiora w odpowiedzi na stres abiotyczny (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
9. Dlaczego one żyją?! Mechanizm adaptacji komórek zawiesinowych BY-2 do warunków silnego stresu osmotycznego (dr Tomasz Skrzypczak)

Proszę pytać w Zakładzie

Grupa dr Savani Anbalagan
Prace magisterskie/licencjackie

1. Rola pituicytów glejowych w morfogenezie synaptycznej danio pręgowanego
   Role of glial pituicytes in synaptic morphogenesis of zebrafish
2. Modele danio pręgowanego rzadkich chorób oparte na CRISPR
   CRISPR-based zebrafish models of rare diseases